إن دائرة الشؤون المالية هي الجهة المسؤولة عن سلامة سير المعاملات والإجراءات الخاصة بالأمور المالية، وتتولى قبض أموال الجامعة ومتابعة تحصيل إيراداتها وتسديد الالتزامات المالية المترتبة عليها وذلك وفقاً للقوانين والأنظمة والتعليمات والقرارات الصادرة بموجبها.
تضم دائرة الشؤون المالية الرواتب وتتولى مهمة إعداد وصرف وتدقيق رواتب العاملين في الجامعة وتوزيعها على البنوك وتدقيق وصرف العمل الإضافي . مكافأة نهاية الخدمة، وتتولى إادارة صندوق مكافأة نهاية الخدمة للعاملين في الجامعة وصرف مستحقاتهم عند انتهاء خدماتهم ومتابعة جميع الأمور المالية المتعلقة بالتأمين على موجودات الجامعة والتأمين على حياة العاملين فيها. وكذلك تتولى الملف العام المتعلق بالضمان الاجتماعي والتأمين الصحي للطلبة والتأمين على حياة الطلبة. الحسابات والموازنة العامة و النفقات والصندوق العام: وتقوم بصرف جميع المطالبات والالتزامات المستحقة على الجامعة بعد التأكد من استكمالها لاجراءات الصرف.ورديات أبناء العاملين. والموازنة والدراسات تقوم بإعداد مشروع الموازنة والحسابات الختامية و متابعة تنفيذ الموازنة خلال السنة المالية، ومراقبة إنفاق الجامعة المتكرر والرأسمالي، إعداد البيانات الإحصائية والدراسات والتقارير المالية الخاصة بالموازنة. التدقيق و يتولى عمليات تدقيق المستندات المالية الصادرة عن كافة اعمال الدائرة ومراقبة إيرادات الجامعة، ومتابعة جميع الكفالات الخاصة بالعطاءات المركزية والعطاءات الفرعية في الجامعة